Allele | sos | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mutation Type | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinate | 142,511,653 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Base Change | A ⇒ G (forward strand) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | Kcnj8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonym(s) | slmbr, gnite, Kir6.1, sltr | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 142,510,563-142,517,340 bp (-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] Potassium channels are present in most mammalian cells, where they participate in a wide range of physiologic responses. The protein encoded by this gene is an integral membrane protein and inward-rectifier type potassium channel. The encoded protein, which has a greater tendency to allow potassium to flow into a cell rather than out of a cell, is controlled by G-proteins. Defects in this gene may be a cause of J-wave syndromes and sudden infant death syndrome (SIDS). [provided by RefSeq, May 2012] PHENOTYPE: Mice homozygous for a targeted null mutation exhibit sudden cardiac death due to dysregulation of the vascular tonus in the coronary arteries, and exhibit a phenotype resembling Prinzmetal (or variant) angina in humans. [provided by MGI curators] |
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Accession Number | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Isoleucine changed to Threonine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | not available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | P97794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000032374 Gene: ENSMUSG00000030247
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Predicted Effect | probably benign | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000145440 Gene: ENSMUSG00000030247 AA Change: I318T
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Predicted Effect | probably damaging
PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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Meta Mutation Damage Score | Not available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Is this an essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Category | Autosomal Recessive | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Candidate Explorer Status | loading ... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Single pedigree Linkage Analysis Data |
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Penetrance | 100% | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Listed at MGI | All alleles(7) : Targeted, knock-out(2) Spontaneous(1) Chemically induced(4) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lab Alleles |
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Mode of Inheritance | Autosomal Recessive | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Local Stock | Sperm, gDNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 031704-UCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Updated | 2016-05-13 3:09 PM by Stephen Lyon | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Created | unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Posted | 2009-04-24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description | The sos phenotype was identified in a screen of ENU-mutagenized G3 mice for susceptibility to low dose (5-10 μg) intraperitoneal injection of lipopolysaccharide (LPS). Two female siblings among a litter of 7 G3 mice died in response to LPS injection. |
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Nature of Mutation |
1184 TACATTGCCGAGGAGATCCAGTGGGGACACCGC
313 -Y--I--A--E--E--I--Q--W--G--H--R-
The mutated nucleotide is indicated in red lettering, and results in an isoleucine to threonine substitution at position 318 of the Kir6.1 protein (Figure 2).
Please see the record for mayday for more information about Kcnj8.
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Illustration of Mutations in Gene & Protein |
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Putative Mechanism |
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Primers | Primers cannot be located by automatic search. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genotyping |
Sos genotyping is performed by amplifying the region containing the mutation using PCR, followed by sequencing of the amplified region to detect the single nucleotide transition.
Primers
sos (F): 5’- GCACTCGCTGACCTGACATCATTTC -3’
sos (R): 5’-TGACCTGACTACAGAGACTGCTGG -3’
PCR program
1) 95°C 2:00
2) 95°C 0:30
3) 56°C 0:30
4) 72°C 1:00
5) repeat steps (2-4) 29X
6) 72°C 7:00
7) 4°C ∞
Primers for sequencing
sos_seq(F): 5’- CCTGTTGATAATCCCATCGAGAG -3’
sos_seq(R): 5’- TACAGAGACTGCTGGGAAGAAAAC -3’
The following sequence of 1250 nucleotides (minus strand, from Genbank genomic region NC_000072 for linear genomic sequence of Kcnj8) is amplified:
4801 gc actcgctgac ctgacatcat ttctgatatt ggtccttaca ggtcattcac
4861 gtctgcgttt ctcttctcca ttgaggttca agtgaccatt gggtttggag ggagaatgat
4921 gactgaggaa tgccctctgg ccatcacggt tttgattctg cagaacatcg tgggtctgat
4981 catcaacgca gtcatgttgg gctgcatctt catgaagacg gcgcaggccc acagaagggc
5041 agagacgctg attttcagcc gccatgctgt gattgccgtc cgcaatggca agctgtgctt
5101 catgttccgg gtgggtgacc tgaggaagag catgatcatt agcgcctcgg tgcgcatcca
5161 ggtggtcaag aaaaccacga cgccagaagg ggaggtggtg cctattcatc agcaggacat
5221 tcctgttgat aatcccatcg agagcaataa tatcttccta gtggccccat tgatcatctg
5281 ccacgtgatt gacaagcgta gccccctgta tgatatctca gcaactgacc ttgccaatca
5341 agacctggag gtcatagtga ttctcgaggg cgtggtagaa accacaggca tcaccacaca
5401 agcacggacc tcctacattg ccgaggagat ccagtgggga caccgcttcg tgtcaattgt
5461 gactgaggag gagggcgtgt actctgtgga ctattccaaa tttggtaaca cggtgagagt
5521 ggctgcgcca agatgcagtg cccgggagct ggatgagaag ccttccatcc tgattcagac
5581 cctccaaaag agcgaactgt cgcaccagaa ttctctgcgg aagcgcaact ccatgaggag
5641 aaacaactcc atgaggagaa acaactccat caggaggaat aactcttccc tcatggtgcc
5701 caaggtgcag ttcatgactc cagaaggaaa ccagtgtcca tcagaatcat gagggcagga
5761 tgaccggaga cagttacttg ttgagtcctg atgactgata gccctgaaca gtcactgtgt
5821 cctgatgact gagagacaat ccggagacag ttcattgagt tccgatgatc aaaatattgc
5881 actcatcacc agttcagggc tggagcacag tattcctatc ctaatgcact gagaaatatt
5941 aatatttgag acattaaact tcctgtatta ataaacaata acacacaaac ctgagctctt
6001 tattctcctc tcatcttaaa attctgtttt cttcccagca gtctctgtag tcaggtca
Primer binding sites are underlined; sequencing primer binding sites are highlighted in gray; the mutated T is indicated in red.
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References |
2. Kuo, A., Gulbis, J. M., Antcliff, J. F., Rahman, T., Lowe, E. D., Zimmer, J., Cuthbertson, J., Ashcroft, F. M., Ezaki, T., and Doyle, D. A. (2003) Crystal Structure of the Potassium Channel KirBac1.1 in the Closed State. Science. 300, 1922-1926.
3. Pegan, S., Arrabit, C., Zhou, W., Kwiatkowski, W., Collins, A., Slesinger, P. A., and Choe, S. (2005) Cytoplasmic Domain Structures of Kir2.1 and Kir3.1 show Sites for Modulating Gating and Rectification. Nat. Neurosci. 8, 279-287.
4. Nishida, M., and MacKinnon, R. (2002) Structural Basis of Inward Rectification: Cytoplasmic Pore of the G Protein-Gated Inward Rectifier GIRK1 at 1.8 A Resolution. Cell. 111, 957-965.
5. Drain, P., Li, L., and Wang, J. (1998) KATP Channel Inhibition by ATP Requires Distinct Functional Domains of the Cytoplasmic C Terminus of the Pore-Forming Subunit. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 95, 13953-13958. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writers | Eva Marie Y. Moresco | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustrators | Diantha La Vine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Amanda L. Blasius, Bruce Beutler |