ID | 249784 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Tsen34 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000035585 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | tRNA splicing endonuclease subunit 34 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Leng5, 0610027F08Rik | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 040399-MU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably essential (E-score: 0.858) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R2441 (G1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 3696086-3704034 bp(+) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to T at 3697994 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Lysine to Asparagine at position 87 (K87N) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000118816 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000038521] [ENSMUST00000038608] [ENSMUST00000108627] [ENSMUST00000108629] [ENSMUST00000108630] [ENSMUST00000118710] [ENSMUST00000123088] [ENSMUST00000137204] [ENSMUST00000142713] [ENSMUST00000155060] [ENSMUST00000205287] [ENSMUST00000206343] [ENSMUST00000205734] [ENSMUST00000128364] [ENSMUST00000127106] [ENSMUST00000206571] [ENSMUST00000206379] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8BMZ5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000038521 AA Change: K87N PolyPhen 2 Score 0.481 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000046911 Gene: ENSMUSG00000035585 AA Change: K87N
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000038608 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000037107 Gene: ENSMUSG00000035596
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000108627 AA Change: K87N PolyPhen 2 Score 0.481 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104267 Gene: ENSMUSG00000035585 AA Change: K87N
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000108629 AA Change: K87N PolyPhen 2 Score 0.481 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104269 Gene: ENSMUSG00000035585 AA Change: K87N
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000108630 AA Change: K87N PolyPhen 2 Score 0.481 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104270 Gene: ENSMUSG00000035585 AA Change: K87N
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000118710 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000112710 Gene: ENSMUSG00000035596
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000123088 AA Change: K87N PolyPhen 2 Score 0.481 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123614 Gene: ENSMUSG00000035585 AA Change: K87N
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000139396 |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000137204 AA Change: K111N PolyPhen 2 Score 0.810 (Sensitivity: 0.84; Specificity: 0.93) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120403 Gene: ENSMUSG00000035585 AA Change: K111N
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000142713 AA Change: K87N PolyPhen 2 Score 0.921 (Sensitivity: 0.81; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000118440 Gene: ENSMUSG00000035585 AA Change: K87N
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000155060 AA Change: K87N PolyPhen 2 Score 0.921 (Sensitivity: 0.81; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000118816 Gene: ENSMUSG00000035585 AA Change: K87N
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000205287 AA Change: K87N PolyPhen 2 Score 0.777 (Sensitivity: 0.85; Specificity: 0.92) |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000150785 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000131688 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000150684 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000206343 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000147288 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000205644 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000205734 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000128364 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120521 Gene: ENSMUSG00000035596
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000127106 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000116446 Gene: ENSMUSG00000035596
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000206448 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000206571 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000206379 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes a catalytic subunit of the tRNA splicing endonuclease, which catalyzes the removal of introns from precursor tRNAs. The endonuclease complex is also associated with a pre-mRNA 3-prime end processing factor. A mutation in this gene results in the neurological disorder pontocerebellar hypoplasia type 2. Multiple alternatively spliced variants, encoding the same protein, have been identified.[provided by RefSeq, Oct 2009] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Tsen34 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- TCTGCTGCTGCCTGAAGAAG -3' (R):5'- TTGGGTAGCCTCACTTCCAC -3' Sequencing Primer (F):5'- ATAGGCGCGGTGACCCTAG -3' (R):5'- ACTTCCACCGGCTTCTTGG -3' |
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Posted On | 2014-11-12 |