ID | 103618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Australian Phenomics Network (link to record) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Slirp | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000021040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | SRA stem-loop interacting RNA binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 1810035L17Rik | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably essential (E-score: 0.936) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | IGL01675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 87490666-87496694 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | G to A at 87490787 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Alanine to Threonine at position 24 (A24T) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000077462] [ENSMUST00000159079] [ENSMUST00000160113] [ENSMUST00000160488] [ENSMUST00000161023] [ENSMUST00000185301] [ENSMUST00000162961] [ENSMUST00000162986] [ENSMUST00000161712] [ENSMUST00000162247] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9D8T7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000077462 AA Change: A28T PolyPhen 2 Score 0.193 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.87) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000076673 Gene: ENSMUSG00000021040 AA Change: A28T
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000091090 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000088619 Gene: ENSMUSG00000021041
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000159079 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124445 Gene: ENSMUSG00000079036
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000160113 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124691 Gene: ENSMUSG00000079036
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000160488 AA Change: A30T PolyPhen 2 Score 0.288 (Sensitivity: 0.91; Specificity: 0.88) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124174 Gene: ENSMUSG00000021040 AA Change: A30T
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000160850 |
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000160880 AA Change: A24T PolyPhen 2 Score 0.979 (Sensitivity: 0.75; Specificity: 0.96) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125727 Gene: ENSMUSG00000021040 AA Change: A24T
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000161023 AA Change: A30T PolyPhen 2 Score 0.288 (Sensitivity: 0.91; Specificity: 0.88) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125341 Gene: ENSMUSG00000021040 AA Change: A30T
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000160919 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000185301 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000140233 Gene: ENSMUSG00000079036
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000162961 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124565 Gene: ENSMUSG00000079036
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000162986 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125372 Gene: ENSMUSG00000079036
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000161712 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124933 Gene: ENSMUSG00000079036
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000162247 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124360 Gene: ENSMUSG00000079036
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] Steroid receptor RNA activator (SRA, or SRA1; MIM 603819) is a complex RNA molecule containing multiple stable stem-loop structures that functions in coactivation of nuclear receptors. SLIRP interacts with stem-loop structure-7 of SRA (STR7) and modulates nuclear receptor transactivation (Hatchell et al., 2006 [PubMed 16762838]).[supplied by OMIM, Mar 2008] PHENOTYPE: Homozygous inactivation of this gene results in partial preweaning lethality and reduced male fertility characterized by asthenozoospermia and abnormal sperm annulus and sperm mitochondrial sheath morphology. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Slirp |
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Posted On | 2014-01-21 |