ID | 212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Ska2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000020492 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | spindle and kinetochore associated complex subunit 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 1110001A07Rik, Fam33a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | N/A - 535 of strain bumble | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 87000087-87013800 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | splice site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | C to T at 87008680 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000020794 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000020794] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9CR46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000020794 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000020794 Gene: ENSMUSG00000020492
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000083655 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000129441 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000131202 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000142263 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000155828 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 88% (80/91) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Ska2 |
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Nature of Mutation |
DNA sequencing using the SOLiD technique identified a C to T transition at base pair 86931356 in the Genbank genomic region NC_000077 (Build 37.1) for the Fam33a gene on Chromosome 11 (GTAATGTTTC ->GTAATGTTTT). The mutation is located within intron 3 from the ATG exon, ten nucleotides from the previous exon. Three transcripts of the Fam33a gene are displayed on Ensembl. The mutation has been confirmed by DNA sequencing using the Sanger method (Figure 1).
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Protein Function and Prediction |
The Fam33a gene encodes a 120 amino acid protein that is a component of SKA1 complex, a microtubule-binding subcomplex of the outer kinetochore that is essential for proper chromosome segregation. This complex is required for timely anaphase onset during mitosis, when chromosomes undergo bipolar attachment on spindle microtubules leading to silencing of the spindle checkpoint. The SKA1 complex is a direct component of the kinetochore-microtubule interface and directly associates with microtubules as oligomeric assemblies. The FAM33A protein is required for SKA1 localization (Uniprot Q9CR46).
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Posted On | 2010-05-04 |