ID | 618 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Pcna | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000027342 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | proliferating cell nuclear antigen | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | NA (G1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 132091206-132095100 bp(-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to G at 132091804 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Methionine to Threonine at position 199 (M199T) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000028817 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000028816] [ENSMUST00000028817] [ENSMUST00000110163] [ENSMUST00000110164] [ENSMUST00000180286] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | P17918 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000028816 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000028816 Gene: ENSMUSG00000027341
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000028817 AA Change: M199T PolyPhen 2 Score 0.009 (Sensitivity: 0.96; Specificity: 0.77) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000028817 Gene: ENSMUSG00000027342 AA Change: M199T
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000110163 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000105792 Gene: ENSMUSG00000027341
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000110164 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000105793 Gene: ENSMUSG00000027341
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000124336 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000135181 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000136676 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000143782 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000141813 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000149627 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000140338 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000180286 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000136826 Gene: ENSMUSG00000027341
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Meta Mutation Damage Score | 0.3854 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Het Detection Efficiency | 45.4% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Validation Efficiency | 80% (107/134) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene is found in the nucleus and is a cofactor of DNA polymerase delta. The encoded protein acts as a homotrimer and helps increase the processivity of leading strand synthesis during DNA replication. In response to DNA damage, this protein is ubiquitinated and is involved in the RAD6-dependent DNA repair pathway. Two transcript variants encoding the same protein have been found for this gene. Pseudogenes of this gene have been described on chromosome 4 and on the X chromosome. [provided by RefSeq, Jul 2008] PHENOTYPE: Mice homozygous for a knock-out allele exhibit complete embryonic lethality before implantation due to defects in DNA replication. Mice homozygous for a knock-in allele show partial embryonic lethality during organogenesis, absent germ cells, infertility, and altered somatic hypermutation frequency. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | All alleles(7) : Targeted, knock-out(1) Targeted, other(4) Gene trapped(2) |
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Other mutations in this stock |
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Other mutations in Pcna |
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Nature of Mutation | DNA sequencing using the SOLiD technique identified a T to C transition at position 740 of the Pcna transcript in exon 5 of 6 exons using Genbank record NM_011045.2. Multiple transcripts of the Pcna gene are displayed on Ensembl and Vega. The mutated nucleotide causes a methionine to threonine substitution at amino acid 199 of the encoded protein. The mutation has been confirmed by DNA sequencing using the Sanger method. |
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Protein Function and Prediction | The Pcna gene encodes the 261 amino acid auxiliary protein of DNA polymerase delta and is involved in the control of eukaryotic DNA replication by increasing the polymerase's processibility during elongation of the leading strand (Uniprot P17918). PCNA is mono-ubiquitinated on Lys164 and this modification is important in the meiotic process and the diversification of the Ig locus through class-switch recombination (CSR) and somatic hypermutation (SHM). PCNA was originally identified by immunofluorescence as a nuclear protein whose appearance correlated with the proliferative state of the cell. Mice lacking PCNA die during early embryogenesis. |
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Posted On | 2011-03-23 |