ID | 156555 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Tyw3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000047583 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | tRNA-yW synthesizing protein 3 homolog (S. cerevisiae) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 5230400J09Rik | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 039413-MU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably non essential (E-score: 0.076) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R1348 (G1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 126 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 154282157-154302750 bp(-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to C at 154299451 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Methionine to Arginine at position 86 (M86R) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000057828 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000029850] [ENSMUST00000052774] [ENSMUST00000122976] [ENSMUST00000135723] [ENSMUST00000140644] [ENSMUST00000144764] [ENSMUST00000170461] [ENSMUST00000184537] [ENSMUST00000155385] [ENSMUST00000192462] [ENSMUST00000194876] [ENSMUST00000155232] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8BSA9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000029850 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000029850 Gene: ENSMUSG00000028199
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000052774 AA Change: M86R PolyPhen 2 Score 0.465 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000057828 Gene: ENSMUSG00000047583 AA Change: M86R
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000122976 AA Change: M109R PolyPhen 2 Score 0.460 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000114437 Gene: ENSMUSG00000047583 AA Change: M109R
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000135723 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000143311 Gene: ENSMUSG00000028199
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000140644 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115146 Gene: ENSMUSG00000028199
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000144764 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000121269 Gene: ENSMUSG00000028199
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000148680 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000170461 AA Change: M86R PolyPhen 2 Score 0.187 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.87) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000131461 Gene: ENSMUSG00000047583 AA Change: M86R
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000184537 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000139387 Gene: ENSMUSG00000028199
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000155385 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122619 Gene: ENSMUSG00000028199
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000192462 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000142105 Gene: ENSMUSG00000028199
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000194876 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000142101 Gene: ENSMUSG00000028199
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000155232 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000118449 Gene: ENSMUSG00000028199
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] Wybutosine (yW) is a hypermodified guanosine at the 3-prime position adjacent to the anticodon of phenylalanine tRNA that stabilizes codon-anticodon interactions during decoding on the ribosome. TYW3 is the human homolog of a yeast gene essential for yW synthesis (Noma and Suzuki, 2006).[supplied by OMIM, Mar 2008] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Tyw3 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- TGTGAAATCCACATGAATCCTCCCG -3' (R):5'- TGTGGCTGGTTCCAGCATTCTC -3' Sequencing Primer (F):5'- TTACTTTCCCAGAGATGACCG -3' (R):5'- CCTTCATAGGCTCCACAGG -3' |
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Posted On | 2014-02-11 |