ID | 276133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Apex1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000035960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Ref-1, HAP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 040901-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R3855 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 51162425-51164596 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to G at 51163714 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Threonine to Alanine at position 109 (T109A) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000116319 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000006452] [ENSMUST00000049312] [ENSMUST00000049411] [ENSMUST00000128395] [ENSMUST00000136753] [ENSMUST00000154288] [ENSMUST00000160393] [ENSMUST00000160538] [ENSMUST00000160835] [ENSMUST00000160375] [ENSMUST00000162177] [ENSMUST00000159292] [ENSMUST00000162957] [ENSMUST00000160890] [ENSMUST00000161166] [ENSMUST00000226871] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | P28352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000006452 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000006452 Gene: ENSMUSG00000006289
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000049312 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000038276 Gene: ENSMUSG00000035953
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000049411 AA Change: T114A PolyPhen 2 Score 0.066 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.84) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000042602 Gene: ENSMUSG00000035960 AA Change: T114A
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000128395 AA Change: T109A PolyPhen 2 Score 0.128 (Sensitivity: 0.93; Specificity: 0.86) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000116319 Gene: ENSMUSG00000035960 AA Change: T109A
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000136753 AA Change: T114A PolyPhen 2 Score 0.066 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.84) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123148 Gene: ENSMUSG00000035960 AA Change: T114A
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Predicted Effect |
unknown Transcript: ENSMUST00000154288 AA Change: T114A |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122343 Gene: ENSMUSG00000035960 AA Change: T114A
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000159047 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000162935 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000160464 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000159745 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000163043 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000160393 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125155 Gene: ENSMUSG00000006289
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000160538 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124259 Gene: ENSMUSG00000035953
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000160835 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124782 Gene: ENSMUSG00000035953
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000160375 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124099 Gene: ENSMUSG00000006289
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000162177 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124016 Gene: ENSMUSG00000006289
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000159292 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124039 Gene: ENSMUSG00000006289
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000162957 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123697 Gene: ENSMUSG00000035953
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000160890 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124659 Gene: ENSMUSG00000006289
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000161669 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000161166 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125414 Gene: ENSMUSG00000035953
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000163088 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000226871 |
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Meta Mutation Damage Score | 0.0898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 98% (45/46) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] Apurinic/apyrimidinic (AP) sites occur frequently in DNA molecules by spontaneous hydrolysis, by DNA damaging agents or by DNA glycosylases that remove specific abnormal bases. AP sites are pre-mutagenic lesions that can prevent normal DNA replication so the cell contains systems to identify and repair such sites. Class II AP endonucleases cleave the phosphodiester backbone 5' to the AP site. This gene encodes the major AP endonuclease in human cells. Splice variants have been found for this gene; all encode the same protein. [provided by RefSeq, Jul 2008] PHENOTYPE: Mice homozygous for a knock-out allele exhibit embryonic lethality prior to E10 associated with abnormal embryogenesis. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Apex1 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- ATTCTGCTGCTCGAATGCC -3' (R):5'- ACAATCACCCGGCCTTCTTG -3' Sequencing Primer (F):5'- AATGCCTTCTGTGTATAGCATGTAGC -3' (R):5'- ACCCGGCCTTCTTGATCATG -3' |
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Posted On | 2015-04-06 |