ID | 175023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Tcea2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000059540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | transcription elongation factor A (SII), 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | SII-T1, Tceat, S-II-T1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 039297-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably non essential (E-score: 0.222) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R1228 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 181322103-181329864 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | G to T at 181326238 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Valine to Phenylalanine at position 81 (V81F) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000099331 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000002532] [ENSMUST00000103042] [ENSMUST00000108769] [ENSMUST00000108771] [ENSMUST00000108772] [ENSMUST00000108776] [ENSMUST00000108778] [ENSMUST00000129745] [ENSMUST00000108779] [ENSMUST00000165416] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9QVN7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000002532 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000002532 Gene: ENSMUSG00000002458
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000103042 AA Change: V81F PolyPhen 2 Score 0.107 (Sensitivity: 0.93; Specificity: 0.86) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000099331 Gene: ENSMUSG00000059540 AA Change: V81F
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000108769 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104400 Gene: ENSMUSG00000002458
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000108771 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104402 Gene: ENSMUSG00000002458
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000108772 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104403 Gene: ENSMUSG00000002458
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000108776 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104406 Gene: ENSMUSG00000002458
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000108778 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104408 Gene: ENSMUSG00000002458
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000136145 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000129745 AA Change: V74F PolyPhen 2 Score 0.034 (Sensitivity: 0.95; Specificity: 0.82) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000119646 Gene: ENSMUSG00000059540 AA Change: V74F
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000126623 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000125892 |
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Predicted Effect |
unknown Transcript: ENSMUST00000129006 AA Change: V78F |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120083 Gene: ENSMUSG00000059540 AA Change: V78F
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000129686 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000124776 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000143510 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000126844 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000108779 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104409 Gene: ENSMUSG00000002458
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000165416 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000129026 Gene: ENSMUSG00000002458
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000144476 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120723 Gene: ENSMUSG00000002458
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene is found in the nucleus, where it functions as an SII class transcription elongation factor. Elongation factors in this class are responsible for releasing RNA polymerase II ternary complexes from transcriptional arrest at template-encoded arresting sites. The encoded protein has been shown to interact with general transcription factor IIB, a basal transcription factor. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Tcea2 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- GGCAAGGTTTCTGCCCATGTTTTC -3' (R):5'- GGCAGTAACCAGGCAAATGCAC -3' Sequencing Primer (F):5'- TTGATGAGTCCTACAGCAGC -3' (R):5'- TGCACACCAGCCTCCTC -3' |
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Posted On | 2014-04-24 |